制藥工廠潔凈車間是指無生命的懸浮粒子濃度和有生命的細菌微生物微粒數量均受控的房間，其中有生命的細菌微生物微粒為主要控制對象。壓差控制是維持潔凈車間潔凈度等級、減少外部污染、防止交叉污染的最重要、最有效的手段。
　　一、潔凈車間壓差具有如下作用：
　　（1）潔凈車間門窗關閉時，防止周圍環境的污染由門窗縫隙滲入潔凈車間內；
　　（2）潔凈車間門窗開啟時，保證足夠的氣流速度，盡量減少門窗開啟和人員進入瞬時進入潔凈車間的氣保證氣流方向，以便把進入的污染減小到最低程度。
　　國內外標準、規范，對于潔凈車間的對外壓差做了規定，或者給出了壓差控制的要求和指南。當潔凈車間內工藝生產或活動使得室內空氣內含高危險性的物質，如青霉素等高致敏性藥物、高傳染性高危險的病毒、細菌等，潔凈車間壓差需保持相對負壓。
　　二、潔凈車間壓差控制方法
　　1、風量控制
　　空調系統通過對系統內各區域的送風﹑回風及排風風量的合理設計和調節來達到各個不同潔凈級別之間以及室內外壓差要求。對于需維持一定壓差的潔凈車間，進入房間的風量和排出房間的風量是平衡的。
　　SA=RA+EA+LA（1）
　　其中，SA為送風量，RA為回風量，EA為排風量，LA為漏風量。當房間對外漏風時，漏風量為正，反之則為負值。漏風量是和房間的對外壓差以及房間之間的壓差相關的。
　　通過合理的設計以及調試，可以達到設計要求的壓差值。
　　2、緩沖室及緩沖室壓差控制
　　為了更好的控制潔凈車間的潔凈度，并減少潔凈車間內部與外部環境的相互影響，緩沖室被廣泛用于潔凈車間布局設計中。緩沖室可以設計成多個，且可以利用更衣室等房間作為緩沖室。
　　緩沖室的壓差設置通常有3種：
　　其一是從高凈化級別房間到低凈化級別房間或非凈化區壓差依次降低，這可以有效防止低級別或無級別房間對高級別房間的影響；
　　其二是緩沖室對兩邊的房間均為正壓，這樣可以有效防止兩邊房間的相互干擾；
　　其三是緩沖室對兩邊的房間均為負壓，這樣也可以有效防止兩邊的相互干擾。
　　正壓緩沖室通常被稱為“正壓井”，國外稱為“Bubble AL”。對于大空間的潔凈車間，保持較高的正壓值有一定的困難，通常也會設置一個對兩邊都是正壓的緩沖室，從而降低大空間潔凈車間的正壓值。
　　3、獨立壓差控制送回風系統
　　一般潔凈車間只設置一套空調系統，以實現溫濕度和壓差的控制。由于進行壓差控制需對系統內送、回、排風量進行調節，系統的穩定性因此下降。對于系統內壓差影響因素變化較多且壓差控制要求較高的潔凈車間，可采用兩套空調系統。其中一套空調系統恒定風量，對室內的溫濕度進行控制；另外一套系統主要用于控制潔凈車間的壓差。由于壓差控制由獨立的系統提供，調節方便且不會影響到房間的溫濕度控制。
　　4、變風量回排風控制壓差
　　一般對于潔凈車間的壓差控制是在潔凈車間的送、回、排風支管上安裝手動風量調節閥，在系統調試時調節手動風量調節閥的開度，將潔凈車間壓差調整至設定值。由于潔凈車間運行過程中，潔凈車間的壓差可能會發生變化，甚至超出可接受的范圍，此時再有人工進行調整。
　　這種控制方法可能存在人為誤差。對于壓差控制要求很高的潔凈車間，一般采用一定的自控手段，以簡化操作，消除不必要的誤差。
　　通常在房間的送風支管上設置定風量閥，維持房間送風量恒定；在房間的回排風支管上設置變風量閥，在房間內設置壓差傳感器。根據壓差傳感器的反饋信號，控制變風量閥的開度，從而維持房間壓差恒定。
　　5、余壓閥
　　余壓閥是一種用于房間壓差控制的簡單方法。余壓閥工作的基本原理是當潔凈車間內壓差超過設定壓差時，減壓閥門自動打開，當低于設定壓差時，閥門恢復關閉狀態，從而起到維持房間壓差的作用。由于余壓閥控制壓差存在交叉污染的風險，現在的藥廠潔凈車間壓差控制已經很少采用余壓閥了。
　　6、正負壓切換控制
　　對于部分潔凈車間，由于其生產活動的變化，房間對外壓差可能有正負壓切換的需求，如正負壓切換手術室。對于需要正負壓切換控制的潔凈車間，通常通過調整潔凈車間的排風量來實現正負壓切換。房間維持正壓時，排風量較小，房間維持負壓時，排風量較大。
　　具體的風量通過計算確定，通常根據計算結果選用兩臺排風機，正壓運行時只開啟一臺排風機，負壓運行時同時開啟兩臺排風機。